Ola Daiane
Acredito que já tenha solucionado a questão..., mas vamos lá!!!
Na verdade "receber por fora" é uma pratica ilícita, que pode prejudicar a empresa em caso de fiscalização.
Como vc mesmo menciono a contabilidade é a responsável por registrar e controlar essas informações.
Sugestão: Planilhe todos os clientes com todas as informações possível ( nome, CNPJ, valor da NF, retençoes, prazo de recebimento, numero de parcelas, data de recebimento), o que na verdade este controle era pra ser feito pelo financeiro de seu cliente, mas enfim...
Quando chegar o extrato voce deve pedir para o seu cliente detalhar de qual nota ele recebeu, ate mesmo os "valores por fora" ( já informe seu cliente que está pratica deve ser abandonada, pois o contador tbm assume o risco por consentir).
Caso ainda os valores continuem em aberto peça ao seu cliente identificar e apontar datas possível que serão regularizados).
Caso persista os valores na conta de clientes, o negocio é mexer no bolso, mande e-mail pedindo para lançar a baixa do cliente em Outras Receitas e ofereça a tibutação do PIS e COFINS , IR e CS.
Faça isso tudo por e-mail, mas antes de tudo chama seu cliente e tenha uma conversa sobre o assunto e as penalidades.