Francisco Evaldo, bom dia.
Que complicação hein amigo.
Bom, vamos por partes. Como não teve débito em out/16, mas você transmitiu a DCTF indevidamente com os valores que deveriam apresentar em nov/16, então você terá que retificar a declaração de out/16 e zerar ela.
Com relação aos DARF's pagos indevidamente com o período de apuração de out/16, que na verdade era para ser nov/16, você pode utilizar o Redarf Net, pelo eCac, pois você somente precisa alterar o período de apuração e por lá dá pra fazer.
Já com a DCTF de nov/16 é que você tem um problema, a multa. Pois como você não transmitiu ela, nem zerada, será a primeira entrega e estará fora do prazo. Mas você deve enviar, informar o débito e se quiser, o pagamento também, depois de retificar os DARF's. Vai gerar a multa pela entrega em atraso, é só pagar ela e fica tudo certo.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."