De fato, o Convênio ICMS 26/2003 autoriza a isenção quando das licitações. A emissão da nota fiscal ocorre conforme Ajuste Sinief 10/2012:
"Cláusula primeira O estabelecimento que promover operação com benefício fiscal, que condicione a fruição ao abatimento do valor do ICMS dispensado, observará o seguinte:
I - tratando-se de nota fiscal eletrônica, o valor dispensado será informado nos seguintes campos:
a) para as versões anteriores a 3.10 da NF-e, nos campos “Desconto” e “Valor do ICMS” de cada item, preenchendo ainda o campo “Motivo da Desoneração do ICMS” do item com os códigos próprios especificados no Manual de Orientação do Contribuinte ou Nota Técnica da Nota Fiscal Eletrônica - NF-e;
b) para as versões 3.10 e seguintes da NF-e, no “Valor do ICMS desonerado” de cada item, preenchendo ainda o campo “Motivo da Desoneração do ICMS” do item com os códigos próprios especificados no Manual de Orientação do Contribuinte ou Nota Técnica da Nota Fiscal Eletrônica - NF-e;
...".
Para corrigir, retirar o ICMS, emita uma nota fiscal complementar/corretiva, corrija apenas os campos da NF-e com defeito e entregue uma via ao órgão público que recebeu as mercadorias.