Existem dois tipos de diferencial de alíquotas:
1 - Quando seu cliente é consumidor final, mas é contribuinte do imposto (tem inscrição estadual), nesse caso você terá que verificar se existe protocolo ICMS entre seu Estado e o dele exigindo que seja calculado e pago o diferencial de alíquotas pelo remetente, se a resposta for sim, você calculará e o valor da diferença entre a alíquota interna de destino e a interestadual e destacará no campo ICMS ST, esse valor será somado ao valor total da nota e seu cliente pagará por ele, a GNRE tem que acompanhar o produto.
2 - Quando seu cliente é consumidor final NÃO contribuinte do imposto (não tem inscrição estadual), nesse caso você pagará o diferencial do destinatário, os valores dessa diferença são informados no xml, mas não aparecem no DANFE e nem alteram valor total da nota, você não pode cobrá-lo do seu cliente, mas deve enviar a guia para acompanhar a nota, porém por enquanto as empresas do simples nacional estão dispensadas desse pagamento.
Esses pagamentos não influenciam o valor do Simples.