Diz a Lei 605 de 1949:
Art. 6º Não será devida a remuneração quando, sem motivo justificado, o empregado não tiver trabalhado durante toda a semana anterior, cumprindo integralmente o seu horário de trabalho.
Então, segundo o artigo acima, você descontará o DSR quando o empregado faltar, chegar atrasado ao serviço, enfim, não cumprir integralmente a semana de trabalho.
Para desconto, eu acho, o mais interessante é descontar como o amigo Altino disse.
Para nós aqui na nossa região horário comercial é 8 horas por dia de segunda a sexta-feira mais 4 horas aos sábados.
Se o empregado faltar durante a semana, eu desconto as horas de falta. Por exemplo, se faltar um dia de segunda a sexta, eu desconto um dia (8 horas) mais o DSR (7:20 horas), totalizando 15:20 horas.
Se faltar no sábado eu desconto 4 horas mais 7:20 do DSR.
Se chegar atrasado em 01 hora eu desconto 8:20, 01 hora pelo atraso e 7:20 pelo DSR.
No meu caso eu trabalho de segunda a sexta-feira 8:48 horas, então se eu faltar 01 dia me é descontado 16:08 horas.
Espero ter ajudado.