então, é dela mesmo que estamos falando.
Bastante complexa, onde você terá um certo trabalho para apurar os créditos das compras ( tem uma definição do que pode ser crédito, básicamente insumos, mas precisa seguir a lista que é conclusiva )e tambem precisárá controlar o que os clientes estão retendo para poder abater do pagamento.
O esquema básico de apuração ( muitos detalhes em cada ponto precisará olhar )
1) Faturamento bruto
2) Tira o valor das compras que dão direito a crédito
3) (=) Base de calculo
4) Aplica os percentuais das aliquotas ( 7,6% Cofins e 1,65% PIS)
5) = Valor devido
6) Retira os valores que de pis e cofins retidos pelos clientes em suas faturas
7) = Valor a pagar
Estando no regime de Lucro Real e Não cumulativo, veja que estará obrigado a entrega da DACON e do EFD Pis e Cofins, este último muito complicado.
Espero poder ter ajudado um pouco, mas o assunto é bastante complexo e não dá para explanar sobre todos os detalhes aqui...