Boa tarde Mikael
O que vai definir o código de outras entidades não é o CNAE e sim o FPAS, conforme tabela do link a seguir (é um documento do word):
clique aqui
O código a ser usado no SEFIP é a soma dos números que estão abaixo da entidade que contém valores na tabela.
Exemplo:
A empresa possui FPAS 507, devendo contribuir para o Salário-Educação, INCRA, SENAI, SESI e SEBRAE. Na tabela de alíquotas por FPAS, observe que são para essas entidades que há alíquota de contribuição no FPAS 507. Observe também que abaixo de “Salário-Educação” há o código 0001, abaixo de “INCRA” há 0002, abaixo de “SENAI” há 0004, e assim por diante. Somando-se os códigos existentes abaixo de cada entidade, para a qual há contribuição no FPAS 507, chega-se ao código 0079 (0001 + 0002 + 0004 + 0008 + 0064).