Antes de tudo você precisa entender as duas formas distintas de pagamento de frete: uma feita pelo remetente e outra pelo destinatário.
CIF - Cost, Insurance and Freight (Custo, seguros e frete)
FOB – Free on Board (Livre a bordo)
Frete CIF
Trata-se de uma modalidade de frete em que o fornecedor é responsável pelos custos e pelos riscos inerentes à entrega da mercadoria — inclusive os seguros. A obrigação só termina quando a mercadoria chega ao destino designado pelo comprador.
Frete FOB
Nessa alternativa, é o comprador quem assume os riscos e os custos do transporte da mercadoria, assim que ela é colocada a bordo do navio. A obrigação de embarcá-la, no porto de origem designado pelo cliente, é do fornecedor.
ICMS significa Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços. Trata-se de um tributo estadual, o que significa que cabe aos governos das Unidades Federativas instituí-lo ou não, este imposto pode incidir também sobre o serviço de transporte de cargas.
A base para calcular o ICMS será o valor total do serviço prestado. Já a alíquota deste imposto vai depender de onde o transporte está vindo e para onde ele está indo.
Quando a origem e o destino do transporte pertencem ao mesmo estado, incide-se a alíquota interna estabelecida pelo próprio estado.
Mas, nos casos em que a origem e o destino são em estados diferentes, aplica-se a alíquota interestadual do destino.
Se o imposto do estado de destino for maior que a alíquota interestadual, deverá ser aplicada a Diferença de Alíquota (DIFAL) sobre o valor do frete.
O ICMS SOBRE O FRETE normalmente é gerado quando a uma circulação de mercadorias com iniciando dentro do seu estado para fora em transportadores autônomos ou transportadoras descredenciadas no estado em que estão realizando a coleta.
E como gerar este cálculo? A exemplo do estado de Pernambuco você pode gerar o cálculo no site http://frontdig.sefaz.pe.gov.br/frontdig/ICMS_FRETE.html, o que facilita bastante no dia a dia, agora com o valor em mãos você deve gerar a guia do DAE ou GNRE.
DAE – Documento de Arrecadação Estadual - documento de arrecadação de tributos. O Documento de Arrecadação Estadual é um documento único por Estado em que é possível recolher diversos tipos de tributo. É através desse documento que é feito o recolhimento de tributos como o ICMS, IPVA e taxa de incêndio. Cada estado brasileiro possui um modelo próprio, e no site de cada secretaria de estado e fazendo você poderá encontrar diferentes especificações sobre o recolhimento. Porém, a finalidade deste documento é sempre a mesma: permitir que o contribuinte realize o recolhimento de tributos de competência estadual.
GNRE – Guia Nacional de Recolhimento de Tributos Estaduais - documento para operações de vendas cujo o destino da mercadoria é fora do estado de produção do produto, mercadorias estas sujeitas à substituição tributária. A GNRE tem o objetivo de recolher o ICMS em outros Estados.
E quem deve pagar o DAE ou GNRE?
No caso de transportadores autônomos: quem paga o DAE é o remetente ou destinatário, na nota fiscal no campo frete por conta deve conter a opção 0- Por conta do emitente ou 1- por conta do destinatário
No caso de transportadora que está realizando coleta fora do seu estado: a mesma precisa pagar a GNRE além de emitir os documentos que já fazem parte do processo como CT-e e MDF-e.