Leandra,
Entendo a sua preocupação, mas não cabe ao contador criar o fato contábil. Não crie fatos que não existiram, como entradas e saídas em caixa, que poderão, futuramente, lhe imputar responsabilidade solidária.
Primeiramente você deve conversar com o seu cliente, acordando ambos sobre a obrigatoriedade dos documentos contábeis que amparem as operações da empresa, sem os quais não é possível a você executar as tarefas para as quais foi contratada.
Na ausência dos documentos comprobatórios, mas HAVENDO conhecimento por outros meios sobre as características do fato contábil, é possível a sua contabilização, ressaltando que valores deverão ser adicionados/excluídos nas apurações de impostos, em especial sobre o lucro, de acordo com o regime tributário.
Sobre fatos passados é possível, ainda, lançá-los em contas provisórias como adiantamentos, enquanto se busca, junto aos fornecedores, os documentos fiscais correspondentes.
Preserve sempre a sua pessoa, assim como a sua responsabilidade técnica!
Lhe desejo boa sorte.