Como contabilizar e-commerce

bom dia, 

Estou com dúvidas ref. ao e-commerce, o que acontece, vários clientes, estão emitindo as notas segundo a plataforma que usam. O problema é, essas plataformas emitem notas contra nossos clientes com valore embutidos como comissão, desconto e frete. O que acontece, o valor emitido - descontos das plataformas  é diferente ao valor recebido.

Alguem sabe o que posso fazer em relação a isso?
Desde já agradeço.