Leva uma solicitação de exclusão de cadastro lá no MTE juntamente com a documentação da empresa e a do contador responsável que ele exclui o cadastro e você pode fazer outro.
Segue modelo de solicitação:
Ao
Ministério do Trabalho e Emprego – MTE
Agência Regional do Trabalho e Emprego em CIDADE/UF
REQUERIMENTO
Venho por meio deste, requerer a exclusão do cadastro da empresa [EMPRESA], CNPJ: 00.000.000/0001-00, do sistema EmpregadorWeb, pelo motivo de erro no cadastro da empresa, para que possamos efetuar novo Cadastro no EmpregadorWeb.
CIDADE/UF, 18/09/2015
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RESPONSÁVEL PELA SOLICITAÇÃO
Contador
CPF: 000.000.000-00