Bom dia!
Você deve utilizar o CST referente a operação da mercadoria e se sua operação é para consumidor final ou não...
Por exemplo, as compras de mercadoria em ST devem ter o CST de venda 060.
As mercadorias tributadas devem ter o CST 000 se forem tributadas integralmente, caso haja algum tipo de benefício, a saída deve ser no 020.
No caso de mercadorias isentas de ICMS, CST 040, e a 041 utilizada para não tributado.
Pra determinar a CST de cada item, você deve avaliar qual foi a tributação enviada, qual a classificação tributária do item no seu estado, e se o item possui benefício fiscal ou não.
Pra isso, a análise das NCMs de cada item é primordial, e é a partir delas também que você conseguirá classificar corretamente cada item.
Larissa de Oliveira Silva
Analista Fiscal
Instrutora de Práticas Fiscais e Tributárias
larissadeolivsilva@gmail.com