Vitor Nunes de Souza,
Primeiramente eu vejo que há um equívoco inicial que é não empenhar a totalidade do objeto contratado que será executado no exercício. Por exemplo: Supondo que o contrato tivesse vigência de um ano, iniciando em 21/01/2015 e vencendo em 20/01/2016, em 2015 deveria ter sido empenhado o valor a ser executado naquele ano, mesmo que estimativo, em em 2016, deveria ser empenhado o restante não executado em 2015.
Inclusive, a doutrina dominante prega que o empenho deve ocorrer antes mesmo da assinatura do contrato.
Porém, como a situação já está posta desta forma, recomendo primeiro que você verifique se a despesa da NF é apenas despesa sem prévio empenho (transgressão do art. 60 da lei 4.320) ou se é despesa sem autorização orçamentárias (art. 10, inciso IX da Lei 8.429).
Além disso, é importante verificar se a despesa foi de fato executada, ou seja, se não é uma NF "fria". Para isso você pode se valer dos meios ordinários (ateste de recebimento, por exemplo), ou extraordinários (sindicância/controle interno).
Caso venha a ser uma despesa sem empenho prévio, realizar o seguinte lançamento contábil:
D - VPD relativa à despesa
C - Passivo Circulante - conta de fornecedores a pagar ou equivalentes, com atributo de superávit financeiro P (Permanente)
Após isso, encaminhar a NF para o ordenador de despesa para que este autorize o empenho, liquidação e pagamento, e para que tome as demais providências que julgar necessárias.
Após esse despacho, é que se empenha, liquida e paga a despesa, sendo que no ato da liquidação não haverá nova VPD, mas sim a transferência do valor lançado na conta de passivo com atributo de superávit financeiro P para uma conta de passivo com atributo F (Financeiro).
Em se tratando de despesa sem autorização orçamentária, o procedimento é semelhante, alterando-se somente a conta de passivo do lançamento, que deve ser uma conta do passivo "P" que reflita a despesa sem autorização orçamentária. Fora isso, o procedimento é o mesmo, recomendando a informação ao controle interno sobre isso.
Vale lembrar que o que diferencia se uma despesa é somente sem empenho prévio ou se é sem autorização orçamentária é a existência ou não de dotação adequada e suficiente para amparar a despesa na data em que a execução se inicia. TEm um breve ensaio sobre isso neste link.