Caro Paulo Henrique :
Suponho que exista atestado de recebimento do serviço executado e que os dados da NF condizem com o que exige o contrato, Neste caso, eu recomendo que registre um passivo (fornecedores a pagar) com indicador de superávit financeiro "P" (Permanente) em contrapartida a uma VPD. Após, que encaminhe formalmente (por escrito) à autoridade competente para que tome as providências, inclusive quanto a emissão de nota de empenho.
Por ocasião da emissão do empenho da despesa, imediatamente à sua emissão deve ser efetuado o registro da liquidação da despesa. Nesta fase, em vez de debitar uma VPD, deves debitar o passivo "P" e creditar um passivo "F" (Financeiro).
Essas recomendações pressupõem que existe ateste de recebimento e que há regularidade na prestação do serviço quanto às disposições do contrato, e ainda, que existe rubrica orçamentária adequada e dotação suficiente. Caso este último quesito não ocorra (rubrica adequada inexistente ou dotação insuficiente), deves registrar também a realização de despesa sem autorização orçamentária, conforme art. 37 da lei Complementar nº 101.