Dúvida Nota Fiscal - Prestação de Serviços Mecânica

Bom dia,

Trabalho numa Prefeitura e tem uma situação estranha. Aonde o prestador de serviços de mecânica emite duas notas, uma de peças e outra de serviço. Aonde existe um diferença muito grande no valor da NF de peças com a NF de serviço. Exemplo: R$ 3.000 de peças e R$ 10,00 de serviços. Existe alguma regra quando existe a emissão de duas notas separadas ? Existe um mínimo a ser considerado  ? Desde já agradeço

Não há limites para emissão de NF ou de separação entre peças e serviços.
Pode ser que o mecânico esteja "sobrecarregando" as peças porque a alíquota de ICMS seria menor que a alíquota do ISSQN (embora eu desconfie que seja o contrário).
Entretanto, recomendo averiguar se os preços da NF são os que constam no contrato ou, se não houver contrato, na documentação que originou a contratação.

Muito bem esclarecido pelo colega Everton, e pode também completar a questão. O auditor fiscal (fiscal de tributos municipal) pode exigir e verificar as notas e relacionar com o valor da prestação do serviço executada no mercado, e ate os contratos de prestação de serviço ; caso houver, e também movimentação financeira da empresa, para poder auditar a empresa e se julgar necessário, multar e tributar a diferença de recolhimento do tributo(issqn) devida.

Agradeço as respostas