Fabiano,
Como sua dúvida não foi detalhada, irei supor que foi um pagamento a fornecedor.
Há duas possibilidades:
A primeira e mais indicada, é solicitar o fornecedor a devolução dos valores pagos na conta da entidade e com isso realizar uma guia de devolução (GD) que irá estornar o pagamento e posteriormente realizar anulação da liquidação e da NE.
A segunda opção é realizar formalmente um termo de acordo (pode ser por e-mail ou ofício) onde irão demonstrar que no pagamento futuro será deduzido e compensado esse valor pago em duplicidade. Com isso, faz um lançamento contábil por nota patrimonial reconhecendo o direito e quando houver uma nota fiscal futura, tu irá fazer um lançamento de regularização através de documento de nota patrimonial(ou equivalente).
Abrs.
"A virtude de uma pessoa mede-se não por ações excepcionais, mas pelos hábitos cotidianos!"
Kaik R. Vieira
Contador (setor público e privado)
Ex-Perito Judicial
CRC: 0021187/O - ES
Vitória/ES