Nathanne Campos, Bom Dia.
1) Conciliação bancária e conta Caixa são duas coisas distintas, Ok!
2) Se sua empresa não tiver escrituração regular e somente escritura o livro Caixa, então sim, toda a movimentação deve ser registrada neste livro (Ex.: ME/EPP Simples Nacional ou Lucro Presumido) .
3) A conciliação bancária deve ser efetuada com base nos documentos bancários inerentes a cada banco.
4) Se sua empresa tiver a contabilidade regular, então a conciliação bancária deve ser efetuada a partir da Razão Contábil da conta do banco com os extratos do banco de determinado período ou mês, cruzando sempre com os comprovantes correspondentes do banco em reconciliação.
Abraços.