Se entendi bem o seu questionamento, a forma correta é como vc tá fazendo. Acompanhe o raciocínio, se a empresa paga x fornecedores através de transação bancária como vou poder saber o valor pago pra cada um se somar todos e fizer um único lançamento? Como vou conseguir fazer a conciliação entre banco e fornecedor?
Também faço da mesma forma como vc faz, lanço entradas e saídas de um por um de modo a registrar as despesas bancárias, pagamentos e recebimentos. Fazendo apenas um lançamento para cada natureza, qual seriam as contrapartidas?
Espero ter ajudado!