Prezada Joyce,
O procedimento correto é você contabilizar a nota fiscal de saída (retorno de remessa) pelo mesmo valor que consta na nota fiscal de entrada (entrada de remessa) correspondente, já no que diz respeito ao valor deve ser contabilizado ao valor de custo, haja visto que a conta "estoque de terceiros em poder da empresa" nesse caso é uma conta redutora da conta estoque e consequentemente substitui a conta estoque na contabilização do CMV pela venda efetuada. Isto considerando que a empresa em questão é a vendedora da mercadoria.
Caso a empresa em questão apenas faça o serviço de deposito fechado, a contabilização deverá deverá seguir restritamente as informações da nota fiscal de entrada, pois, o faturamento em questão seria feito através de nota fiscal de serviço.
Em caso de permanência de duvidas, favor detalhe-as para que possamos ajuda-la.
At.
Marcos Vinicius