Maria Izabel, tributariamente não há um problema no pagamento de despesas indedutíveis, pois como você mesmo colocou, não formam base para cálculo de imposto, já que a empresa é optante pelo lucro presumido.
Agora, que não é correto efetuar pagamentos sem NF isso é lógico, pois a empresa pode esta sendo conivente com crime de sonegação fiscal, não retenção de impostos e distribuição disfarçada de lucros.
Fiz uma breve pesquisa sobre o assunto e veja o que diz o artigo 674 do RIR:
O Artigo 674 do Decreto nº 3.000 de 26 de Março de 1999
Art. 674. Está sujeito à incidência do imposto, exclusivamente na fonte, à alíquota de trinta e cinco por cento, todo pagamento efetuado pelas pessoas jurídicas a beneficiário não identificado, ressalvado o disposto em normas especiais (Lei nº 8.981, de 1995, art. 61 ).
§ 1º A incidência prevista neste artigo aplica-se, também, aos pagamentos efetuados ou aos recursos entregues a terceiros ou sócios, acionistas ou titular, contabilizados ou não, quando não for comprovada a operação ou a sua causa (Lei nº 8.981, de 1995, art. 61, § 1º ).
§ 2º Considera-se vencido o imposto no dia do pagamento da referida importância (Lei nº 8.981, de 1995, art. 61, § 2º ).
§ 3º O rendimento será considerado líquido, cabendo o reajustamento do respectivo rendimento bruto sobre o qual recairá o imposto (Lei nº 8.981, de 1995, art. 61, § 3º ).
