Boa noite Gerson,
Contabilmente o fato de a empresa ter se sujeitado no período anual á duas sistemáticas de tributação diferentes, é perfeitamente normal e não há nenhum "cuidado" especial que se deva ser tomado quanto a isto, pois o que muda na realidade são os cálculos e não a contabilidade propriamente dita.
A contabilização dos tributos irá obedecer as normas de contabilidade geralmente aceitas, e afora o fato de se ter apropriado impostos e contribuições de natureza diferentes no mesmo período, não influenciará no resultado operacional da empresa.
Vale dizer que no final do ano você procederá a apuração dos resultados normalmente, da mesma maneira que faria se sua empresa fosse tributada pelo Simples Federal ou pelo Lucro Presumido.
Em outras palavras, as receitas, os custos e as depesas terão o mesmo tratamento contábil que teriam se a empresa fosse optante pela sistemática do Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real, o que muda (repito) é apenas a forma de calcular os impostos e não a contabilidade.
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