Oi Roberto,
Como você mesmo mencionou, o Código Comercial (e não só ele) exige que os livros sejam encadernados em períodos de no máximo de 12 meses, tendo como data limite para o registro a fixada para entrega tempestiva da Declaração de Impostos de Renda de Pessoas Jurídicas (esta ultima exigência é da Receita Federal)
Não sei quanto a Junta Comercial de seu estado, mas a nossa é bastante exigente e normatizou o fato através do Decreto 2780/01. Aqui você pode encadernar livros contendo períodos inferiores a um ano, mas nunca superiores. Os livros Registro de Serviços devem ser registrados nas Prefeituras e não nos Cartórios, a encadernação segue uma séria de normas e etc....
Você terá problemas com as encadernações e os registros já efetuados?
Provavelmente não, pois se trata de Livro Registro de Serviços e não há nada na legislação que possa penalizar pessoas jurídicas por terem encadernado e registrado estes livros em períodos superiores aos permitidos.
No entanto, no âmbito federal, (livros Diário e Razão) a legislação é clara e você corre o risco de (em casos extremos) ter até sua contabilidade desclassificada. Isto porque a Receita Federal não reconhece como válido o registro fora do prazo permitido ou estar encadernados em períodos superiores a um ano e pode penalizar com a desclassificação da contabilidade.
Se você tem empresas funcionando desde o ano de 2000 e estas não possuem os livros, está certo quanto a intenção de regularizar. Observe as normas da Junta Comercial de seu estado, tenha em conta as exigências da Receita Federal e coloque em dia todos os livros. É melhor você ter livros encadernados em períodos superiores a 12 meses e registrados fora do prazo, do que não ter livro algum.
PS - Tenha certeza de que não é o único a ter este tipo de problemas, eles parecem ser universais!