Bom dia,Eduardo Santos!
Como o colega Hércules Augusto já colocou em sua resposta,a alegação para o não pagamento da primeira Nota Fiscal emitida ,é descabida.
Imagine se todas as empresas do mundo tivessem, que reemitir seus documentos fiscais pela "antiguidade" deles!
Imagine as baixas de obrigações de terceiros (Fornecedores,Contas a Pagar,etc) e com o próprio fisco,com essa justificativa.
Mais que descabida ,a alegação foi estapafúrdia,inconcebível.Ou seja,sua empresa aceitou cometer uma falha operacional para receber um valor.
Na minha ótica,será mais prático do que tentar compensar o valor dos impostos ,assumir todo o ônus da operação.
Caso sua empresa esteja enquadrada no Lucro Presumido e se utilize de escrituração de Livro Caixa para a apuração dos impostos e contribuições,não haverá nenhum desdobramento importante dessa falha,porque não vai estar sendo considerada a Receita do Serviço Prestado na primeira Nota Fiscal.O imposto dessa mesma primeira Nota,se foi retido e pago,ou ainda apurado e pago no mês seguinte ao da competência do serviço prestado,também era obrigatório ter sido feito isso,já que o ISS,especificamente, não está condicionado ao recebimento do valor da Nota,é sim pela emissão da Nota Fiscal.Emitiu Nota Fiscal de Serviço,tem que pagar o ISS.A única alternativa que um tomador de serviços pode alegar para não pagar uma Nota Fiscal Serviços,é provar que o Serviço não foi prestado.
Caso sua empresa esteja enquadrada no Lucro Real,aconselho a contabilizar o evento,conforme ele aconteceu.Ou seja,contabilizar numa conta de Perdas Eventuais( abra a conta,caso não a tenha no Plano de Contas,Contas de Resultado,Despesas),a referida Nota Fiscal,para em caso de fiscalização,mostrar que o valor não foi recebido,e da forma que expliquei,possibilitar a redução da base de cálculo do Imposto de Renda,Adicional do IR,Pis e Cofins.Lembrando que empresas de Lucro Real,são contabilizadas pelo rigor do Regime de Competência.
Espero ter contribuído para ajudar