Boa tarde, Kity!
Bem... com relação a INATIVIDADE, o conceito é o seguinte:
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Pessoa Jurídica Inativa - Conceito (RFB)
Considera-se pessoa jurídica inativa aquela que não tenha efetuado qualquer atividade operacional, não-operacional, patrimonial ou financeira, inclusive aplicação no mercado financeiro ou de capitais, durante todo o ano-calendário.
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Observe que o conceito de INATIVIDADE não tem vinculação com o fato da empresa ter ou não inscrição estadual.
Geralmente, no cadastramento do MEI, são geradas as seguintes inscrições:
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ALVARÁ, INSCRIÇÕES ESTADUAIS E MUNICIPAIS
O Alvará de Funcionamento Provisório é gratuito para o Microempreendedor Individual - MEI?
Sim, ao realizar a inscrição no Portal do Empreendedor (https://www.portaldoempreendedor.gov.br) serão gerados imediatamente o CNPJ, a inscrição na Junta Comercial, no INSS e o Alvará de Funcionamento Provisório num documento único, que é o Certificado da Condição de Microempreendedor Individual - CCMEI, exibido no Portal e que deverá ser impresso pelo MEI.
Fonte: https://www.portaldoempreendedor.gov.br
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Aqui, no DF, quando o MEI se cadastra no Portal do Empreendedor, as informações são migradas à SEFAZ/DF (gerando dessa forma, a Inscrição Estadual/Municipal - CFDF). O GDF detém competência bi-tributária, pois é responsável pelos impostos estaduais e municipais (ICMS e ISS).
Aliás, é possível imprimir o cartão do CFDF (Cadastro Fiscal do Distrito Federal) no próprio site da Fazenda do DF (Este órgão publicou a INSTRUÇÃO Nº 12, DE 18 DE NOVEMBRO DE 2009).
Desta forma, seria interessante que VOCÊ verificasse junto a SEFAZ/SP a situação da sua empresa com relação ao registro (Estadual/Municipal).
Sobre a conta PJ, os valores arrecadados devem transitar nela, sendo necessário verificar com o seu BANCO o motivo dessa discrepância. A falta de "movimentação" pode acarretar o "encerramento" da conta corrente além de outras taxa conforme a Tabela de Tarifas do Banco em questão.
É importante citar o princípio da ENTIDADE: "Este princípio reconhece o Patrimônio como objeto da Contabilidade e afirma a autonomia patrimonial, a necessidade da diferenciação de um Patrimônio particular no universo dos patrimônios existentes, independentemente de pertencer a uma pessoa, um conjunto de pessoas, uma sociedade ou instituição de qualquer natureza ou finalidade, com ou sem fins lucrativos".
Portanto, Você e a EMPRESA (sua) são pessoas distintas uma da outra, não podendo confundir a sua realidade (PF) com a da empresa (PJ).
Espero ter ajudado...