Essa situação poder estar ocorrendo por dois motivos
1º A empresa considera os 15 dias iniciais de afastamento (que são pagos por ela), com a descrição de Auxilio-doenca que nada mais é, do que senão o próprio salário do empregado, nesse caso, será uma despesa.
2º Ou entao conforme dispõe o § único do art. 80, do Decreto 3.048/99 "A empresa que garantir ao segurado licença remunerada ficará obrigada a pagar-lhe durante o período de auxílio-doença a eventual diferença entre o valor deste e a importância garantida pela licença.", sendo considerado nesse caso, também, como despesa com pessoal à Empresa.
Não há que se falar em pagamento pela empresa de beneficio de auxilio doença, sendo que as únicas prestações que são pagas, e compensadas são: o auxilio maternidade, e o salário família, e eventualmente o 13º sobre o maternidade.
Sucesso!!!