Luiz,
Seu raciocínio está certo, a classificação contábil por centro de custos possuiu a finalidade de permitir a apuração dos gastos relacionados com o trabalho realizado em cada setor, facilitando, posteriormente, a sua apropriação por produto e caracterizar a responsabilidade pelos gastos ocorridos em cada setor.
O plano de contas deverá ser estruturado de forma em que todos os custos estejam separados por sua natureza específica e pela sua aplicação (direto, fixo, indireto) e, também, deverá ter as contas englobadas de acordo com os critérios definidos pelo controle orçamentário.
A legislação fiscal deixa a critério da empresa decidir pela apuração diária desses gastos na dependência da complexidade de sua obtenção, principalmente quanto à folha de pagamento e, a apuração mensal é obrigatória para fins de custeio por absorção, incluindo os custos fixos e variáveis.
No entanto, o Ativo Permanente da empresa é um só independentemente do número de Centros de Custos que ela possua.
Considere que se trata de única empresa com um único Ativo Permanente cuja contabilidade foi elaborada com base em Centros de Custo com a finalidade precípua de auxiliar a Administração. Não evistem, pois, outros motivos que o leve a fracionar o Imobilizado na contabilidade, mesmo porque você teria que consolidá-lo nos Balanços Patrimoniais futuros.