caixa e bancos

Gostaria de saber como fazer livro caixa, se a empresa não tinha conta corrente bancária e para movimentação foi utilizada conta corrente de pessoa física.

Livro Caixa, na verdade é a escrituração financeira; Não necessariamente tem que ter vínculo a uma conta bancária;
O produtor rural, por exemplo, tudo que ele recebe ou paga, pode ir para sua conta pessoal (afinal, ele é o caixa da fazenda).
Neste caso, escritura-se no livro caixa, todas as receitas e despesas; (resumidamente é o registro das transações financeiras oriúndas daquela atividade rural)
No seu caso, abra seu livro caixa, e transcreva toda a movimentação financeira inerente à atividade. (Estou levando em consideração que se trata de uma pessoa física, com personalidade jurídica) (autônomo, produtor rural, médico, dentista, etc )
Se for uma empresa com CNPJ, a ferro e fogo você terá que fazer a contabilidade etc, e não somente escriturar o livro caixa.