Crédito indevido por conta de devolução parcial de Nota Fisa

Boa tarde, pessoal!
Trabalho no faturamento de uma empresa farmacêutica e ocorreu a seguinte situação;

Emiti uma nota fiscal para um órgão publico só que parte do produto foi entregue com desvio de qualidade, para que cliente recebesse a nota e todo o produto envie uma nova nota com produto sem desvio de qualidade, a segunda nota fiscal tinha as seguintes características com o CFOP 6949 outras saídas gerando apenas fiscal, e devolvi parte da primeira nota de venda gerando um crédito indevido, pois como já tinha sido reposto o produto correto não era mais preciso gerar o crédito na nota fiscal de devolução parcial. O que devo fazer para resolver esse problema?

Desde já agradeço pela colaboração de todos.