Ana,
Se entendi bem então, um acordo como esse pode te causar um problema na contabilidade e eventual fiscalização.
Você pagou 5.500,00
Devolveu R$ 5.500,00, logo, esse valor terá que ficar em uma conta de Adiantamento á Fornecedores.
O fornecedor, futuramente entregará mercadorias equivalente ao valor a R$ 5.000,00, sobrando em sua conta de adiantamento R$ 500,00.
Não existe base legal para esse acordo que seu patrão está realizando. Não tem como simplesmente lançar em uma conta de resultado para sumir com esse dinheiro, sem um embasamento legal.
Ou o fornecedor devolve essa quantia R$ 500,00, que você poderá lançar como um estorno, ou o seu patrão, terá que explicar o motivo ou para onde foi esse valor. Não tem como fazermos ajustes na contabilidade, sem que altere outros resultados.
Agora se temos embasamento pra isso, alguma despesas que seu patrão assumiu, dai partimos pra outra linha de raciocínio.
Oque te aconselho é procurar o patrão e entender por completo o assunto para que possamos encontrar a melhor maneira de contabilizarmos.