Depósito Identificado sem a nota fiscal correspondente

Bom dia!

Estou fazendo agora no ano de 2015, toda a contabilidade de uma empresa desde o ano de 2013, ela é uma empresa Prestadora de Serviços optante pelo Lucro Presumido, durante todo este período nunca foi entregue uma obrigação acessória!

Pois bem, conferindo os extratos identifiquei alguns depósitos que se referem a pagamento dos tomadores de serviços, sem a devida nota fiscal emitida...

Como a empresa emiti nota fiscal eletrônica, para acertar estes lançamentos, eu identifiquei por exemplo que no mes de 08/2013 ele recebeu um valor da empresa tal.... como não tinha nota fiscal, fui no sistema da nota eletrônica, e fiz a nota fiscal com a competência dos serviços 08/2013, para cruzar com o valor recebido no extrato..

Minha intensão foi sempre de cruzar os recebimentos com as notas emitidas, e assim não sonegar impostos...

Porém agora estou insegura, se esta foi uma decisão correta, se isso pode prejudicar a empresa

Um tomador me questionou, e eu disse a ele que estava fazendo uma auditoria e identifiquei que existia um pagamento efetuado por ele sem a devida nota fiscal, e que para corrigir isto eu emiti uma nota com a data recente mais informando que era da competência do fato ocorrido

Quais seriam as suas providencias, num caso como este? fiz alguma coisa errada?

Muito obrigada

Boa noite...
Situação difícil, pois o sistema da receita irá cruzar as informações e devido ser nota fiscal eletrônica não temos como
emitir com data retroativa.
Provavelmente naquela época os tributos foram recolhidos sem levar em consideração estes valores, pois não existiam
notas.
Poderia fazer um lançamento para credores duvidosos.
Mas isso iria depender do valor é claro.
Por que ninguém recebe um grande valor sem saber a origem e sem ninguém questionar.

Att.
Milton