dúvida Preço unitario

olá,tenho uma dúvida,referente a como proceder com notas de recusa!

na empresa onde trabalho,recebemos as notas dos materiais em seu estado bruto,no caso sendo mais especifico,trabalhamos com vergalhões de aço,com as maquinas utilizadas dobramos,cortamos etc...
O que ocorre é que recebo a nota com a quantidade do quilo,valor unitário,e valor total.
faço o controle no excel.
lanço o numero da nota por exemplo nota n° 555. valor unitário 2,48,quantidade total 24412,00 em quilos e valor da nota 70461,76
e conforme vão utilizando faço uma nota de remessa parcial,isenta de tributos,apenas para locomover os materiais.
já a empresa que nos fornece,o material na qual somos clientes,utiliza um sistema para lançar as notas retornadas.
mas o que ocorreu foi o seguinte,ao fazer cada nota vamos ,lançando na planilha até zerar a nota,
faço varias notas de retorno até zerar a nota 555.
mas como nosso controle é em Excel ,uma nota não foi lançada no controle,assim ainda constava um saldo,que foi feito a mais na nota 555,gerando duplicidade,e quantidade superior.
então como não existe saldo positivo na nota 555,o nosso fornecedor,recusou a nota,preciso fazer uma nota de entrada.
mas quando vou fazer uma nova nota de saída,fica divergente o preço unitário.como devo proceder?