Marcelo:
Conforme minha bagagem profissional, poderei o ajudar em uma única questão, a primeira, porque não tenho muita experiência no assunto de sua segunda dúvida.
Pelo que me proponho, inicialmente estudaremos a base legal das retenções:
Art. 29. Sujeitam-se ao desconto do
imposto de renda, à alíquota de 1,5% (um inteiro e cinco décimos por cento), que será deduzido do apurado no encerramento do período de apuração, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a título de prestação de serviços a outras pessoas jurídicas que explorem as
atividades de prestação de serviços de assessoria creditícia, mercadológica, gestão de crédito, seleção e riscos, administração de contas a pagar e a receber.
Nota: observe que no trecho que grifei por conta própria a atividade de sua empresa não está relacionada;
desta maneira, não haveria retenção de IRArt. 30. Os pagamentos efetuados pelas pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas de direito privado pela prestação de serviços de limpeza, conservação, manutenção, segurança, vigilância, transporte, locação de mão-de-obra, medicina, engenharia, publicidade e propaganda, assessoria creditícia, mercadológica, gestão de crédito, seleção e riscos, administração de contas a pagar e a receber,
bem como pela remuneração de serviços profissionais estão sujeitos a retenção na fonte da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido -
CSLL, da Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social -
COFINS e da Contribuição para o
PIS/PASEP
Nota: embora seja controversa a expressão "serviços profissionais", visto que por costume esta nomenclatura é atribuída a profissionais que exerçam profissões legalmente regulamentadas e eu desconheço a existência de um Conselho Regional de Analistas de Sistemas, e considerando que o desenvolvimento só pode ser efetivado por profissionais qualificados, julgo que seria de bom senso qualificar os serviços de sua empresa como
serviços profissionais. Neste raciocínio, então seria aceitável a retenção das contribuições, desde que o valor total da nota não fôsse maior que R$ 5.000,00:
Art. 31. O valor da CSLL, da COFINS e da contribuição para o PIS/PASEP, de que trata o art. 30, será determinado mediante a aplicação, sobre o montante a ser pago, do percentual de 4,65% (quatro inteiros e sessenta e cinco centésimos por cento), correspondente à soma das alíquotas de 1% (um por cento), 3% (três por cento) e 0,65% (sessenta e cinco centésimos por cento), respectivamente.
...
§ 3º É dispensada a retenção para pagamentos de valor igual ou inferior a R$ 5.000,00 (cinco mil reais). (Incluído pela Lei nº 10.925, de 2004)
fonte:
Lei 10833/2003Agora, de acordo com seu texto:
"...contudo em acordo contratual entre minha empresa e a contratante, esta ficaria com os encargos sociais sob sua responsabilidade (4,65%) e não faria os descontos na nota (ou seja receberia 4925 = 5000 - 1,5%)."
Não haveria desconto das contribuições e o IRF não seria retido por sua atividade não constar no artigo 29 que acima reproduzi.
Em suma, pelo que compreendo, sua empresa teve imposto indevidamente retido e seu cliente não arcou com as supostas despesas adicionais previstas em contrato.
Agora, junto a você aguardarei a opinião de outro amigo profissional que já tenha passado por uma situação como esta.
Boa sorte