Pagto de Fornecedores-Quitacao na Contabilidade

Prezados Senhores:
Estou com um problema.
A empresa recebe varios Fretes da mesma transportadora mas com cnpj diferentes (é lancado varios fretes em varias empresas) porem somado tudo em um unico boleto pra pagto, no entanto, acontece q no meu Sistema Contabil ha cadastrado todas as empresas. Visto q o pagto será unico na importacao pra contabilidade ficaria o pagto apenas em uma unica conta o q ficaria em aberto pras outras contas. Como eu poderia resolver isso, falo do meio legal q eu possa acertar sem ter problemas com o fisco na contabilidade. Poderia assim, constar na contabilidade como pago frete por frete mas, q na verdade constara no contas a pagar um unico pagto (boleto) pra todos aqueles fretes ?
Ex:

10 Fretes no mes da mesma transportadora mas com CNPJ diferentes.
Contabilidade - ficara lancado 10 Fretes em 10 Contas diferentes
Contas a Pagar - Será pago um unico boleto no valor total dos 10 fretes.

Quero saber se eu posso constar o pagto (baixa do frete na contabilidade) individualmente Conta por Conta.

Acontece tb de algumas empresas mudarem a razao social.Ex
TRANSPORTES RISSO
RISSO EXPRESS
e mandam boleto unico pra todos os fretes. Poderia aplicar a mesma situacao mencionada acima ?
Espero esclarecimentos
Grato

vc pode sim pagar transportadora a transportadora com um unico boleto
ai vc coloca no historico pgto ref a transp. tal conf pte boleto n ...
nf n...
entendeu?

Mto obrigado Suzanne
Alguem mais pode se expressar, com outro ponto de vista

Raphael
se o boleto sai somente nome da uma unica empresa, eu faria uma transferência de todos os outros fretes p/ esta conta e quando pago faria um unico lançatº. dando a baixa.