Modelo Administrativo para Clinica de Fisioterapia Com Autôn

Caros colegas, estou em busca de informações para criar um modelo administrativo para um cliente (PJ - Clínica de Fisioterapia).

Informações:
1- Clinica com CNAE para fisioterapia, Empresário Individual, possui uma secretária e uma auxiliar de ADM.
2- Existem diversas salas nessa clínica onde médicos de diversas especializações e outros profissionais da saúde atendem e realizam procedimentos de estética, academia, pilates, ioga, RPG e etc.
3- Atualmente esse novo cliente faz da seguinte forma: Tira a NFS-e para os clientes de todos, e repassa o valor descontado da comissão que recebe pela estrutura e impostos que recolhe.

Com base nisso eu quero alterar para que seja contabilmente possível essa empresa existir sem problemas.
Pergunto:

A empresa pode emitir notas fiscais de serviço em nome dos profissionais e paga-los retirando um valor como comissão ?
A empresa pode receber por essas notas fiscais em cartão de crédito/débito e repassar ?
Caso sim, como contabilizar esses valores, visto que ela já tirou uma NFS-e no valor total da prestação e vai ficar com um percentual, seria isso por contrato? Outra NFS-e de comissão ?