Também estou com o mesmo problema, estou gerando o arquivo pelo Alterdata, eles não estão dando suporte para empresas que iniciaram suas atividades no decorrer do ano calendário da declaração (absurdo isso).
Tentei visualizar o layout da ECF e verifiquei o erro, o campo de IND_SIT_INI_PER não estava alterando de "0" para "1". Eu alterei e ele reconheceu inicialmente e começou a fazer a importação, ai no final dá o erro que mencionou (O tipo 0(fora do período da escrituração) não é compatível com as datas de inicio e fim da escrituração no registro 0000.)