boleto

Comecei a trabalhar numa empresa prestadora de servico. Todo mes boletos sao emitidos, porem de vez em quando uma empresa resolve depositar o valor na conta da empresa. A orientacao e que devemos dar baixa no boleto sempre que isso acontece. Como nao tenho experiencia na area gostaria de saber o seguinte: contabilmente ha algum problema nisso???

oi, do ponto de vista contábil não há problema, mas do ponto de vista financeiro, a emissão, cobrança e baixa de boleto quitado é taxada pela instituição financeira, logo como você faz para baixar um boleto (no banco) que foi emitido e que não foi quitado??