Bom dia Rubens,
Se o transporte de cargas não esta incluso nas atividades da empresa, a receita relativa ao frete cobrado deve ser reconhecida como outras receitas eventuais.
É portanto uma receita não operacional e deve ser tributada pelas mesmas alíquotas que se sujeitam as atividades da empresa.
Não está totalmente correto, pois, a rigor a empresa não pode transportar cargas de terceiros, mas é um atenuante, haja vista que o fato é único e a empresa está reconhecendo a receita, mas isto não pode ser feito com habitualidade.
É conveniente que você exponha aos sócios da empresa a hipótese de se reconhecer o transporte de cargas como atividade secundária da empresa, pois, estes casos vão se tornar freqüentes.