Controle de estoques, apuração de custos

Boa tarde!

Algum colega poderia me ajudar na seguinte situação:

Quais procedimentos deverá adotar empresa com ramo de INDUSTRIA E COMÉRCIO, que adquire mercadorias para comercialização e industrialização no tocante à controle de estoque de matéria prima, Mercadorias para revendas, produtos em elaboração e Produtos elaborados para revenda, ainda que sob encomenda.

Deverão ser emitidas Notas fiscais de remessa para industrialização, sendo que o galpão onde se fabricam os móveis funciona no mesmo local onde ocorre o comércio ou por meras planilhas de controle?

Ele deverá informar ao fornecedor para a emissão de NF-e discriminando quais produtos serão usados na industrialização ou na comercialização?

Enfim, quais os procedimentos legais e obrigatórios para a correta contabilização e apuração de seus estoques.

Fatos: A empresa é do ramo de Marcenaria, adquire madeiras, chapas, MDF, dobradiças, trincos, vernizes, parafusos, entre outros para uso na fabricação de móveis, bem como comercializa parte destes produtos tanto para o varejo quanto outros marceneiros, sendo necessária a distinção destes para melhor controle de seus custos operacionais na fabricação e na comercialização, mas precisa saber como proceder legalmente em todas as etapas deste processo e controle.

Desde já, obrigado!