Caro Odimar,
Se vocês assumiram a partir de 2015 e querem corrigir somente este exercício, sugiro que faça os ajustes necessários mês a mês. Quanto as obrigações acessórias, dependendo dos ajustes realizados, precisarão ser retificadas as DCTF's e as apurações do IRPJ/CSLL, as demais declarações serão transmitidas em 2016.
Já que existem despesas alocadas erroneamente, deve haver impacto direto nas apurações do IRPJ/CSLL, claro se a empresa optou por um regime de apuração trimestral.
Caso se enquadre no regime de apurações trimestrais, após os ajustes, refaça as apurações e caso venha a dar um valor a recolher maior que aquele que foi pago anteriormente, infelizmente não vejo outra saída, que não seja a emissão do Darf com as respectivas multas e juros. Se der um valor a menor que o que foi recolhido, transfira esse saldo para a conta de IRPJ/CSLL a recuperar e então faça a compensação em períodos futuros.
Além do mais, lembre-se que precisará corrigir as DCTF's que imagino eu devem estar sendo enviadas mensalmente.
Att.