Bom dia, Luciana
Embora seja eu um simples colaborador, inicialmente em nome dos demais participantes dou-lhe as boas-vindas a este nosso centro de debates e neste momento tentarei responder esta sua primeira postagem.
De acordo com os conceitos de Custo das Mercadorias Vendidas, sim, o ICMS por substituição tributária é um tipo de despesa porque a microempresa não o recuperará, contudo, o mesmo deve ser lançado como custo da mercadoria. Deste modo, só poderia ser utilizada a conta que está em seu exemplo se a mesma estiver no grupo de "Custos das Compras".
Visto que em seu exemplo não faltam lançamentos, observe o seguinte fato com valores hipotéticos:
Compra à vista de produtos com a Nota Fiscal composta por:
Valor dos produtos: 100,00 (20 unidades a 5,00 cada)
Frete: 15,00
ICMS ST: 12,00
Total da Nota: 127,00
No plano de contas desta empresa de meu exemplo há as seguintes contas:
Custos operacionais
Custo das Compras
Compras de Mercadorias
Fretes e Seguros sobre Compras
ICMS ST sobre Compras
Logo, faríamos o lançamento desta compra do seguinte modo:
D) Compras de Mercadorias
C) Caixa ou Bancos
R$ 100,00
D) Fretes e Seguros sobre Compras
C) Caixa ou Bancos
R$ 15,00
D) ICMS ST sobre compras
C) Caixa ou Bancos
R$ 12,00
Concluindo, no tocante ao controle de estoques chegamos à conclusão de que o custo de cada unidade do produto não é de R$ 5,00 conforme está no corpo da NF, e sim, R$ 6,35 (R$ 127,00 : 20).
Caso as dúvidas continuem, volte a postar
Saudações