Amigo, poder colocar o valor da tarifa no boleto, conforme voce perguntou pode sim... tecnicamente falando, sem problemas.. Agora é preciso notar que essa cobrança é ilegal, de acordo com o código de defesa do consumidor. Portanto, você resolve o problema de um lado e cria-o de outro.
Quanto a ter impostos sobre esse valor, depende da configuração do seu sistema. Em tese, esse valor vai aparecer no valor total da nota, e deverá sim ter tributado, mas isso depende do seu ramo comercial, configuração do seu sistema e uma serie de coisas.
Lembre-se que sendo nota eletronica, é mais facil, tanto o fisco quanto seu cliente notarem a ilegalidade.
Os custos destes serviços, normalmente ja estão embutidos no valor da mercadoria, por isso cobra-lo novamente, é ilegal, e se seu cliente reclamar, voce tem que devolver e se o cliente reclamar no procon ou no judiciario, voce terá em tese, problemas maiores.