Boa tarde Marcus Vinicius!
Veja bem, na minha opinião você está confundindo as coisas.
TODOS documentos sejam eles, notas fiscais de compra, contas de energia, telefone, água, etc.etc.etc em nome da empresa TEM que ser contabilizados, independente se os mesmos geram créditos ou débitos tributários, porque eles serão a base para saber se a empresa tem lucro ou prejuízo.
Mesmo os documentos que você não lança no Fiscal (no caso CFOP como você citou).
Transferências só geram créditos de ICMS, mas não incidem sobre o Pis nem Cofins.
Os CFOP 2352 e 2353 (transportes) só geram C´redito do Pis e Cofins, se os produtos transportados estiverem ligados à produção (matéria prima por exemplo), mas se não tiverem ligação, você não poderá se creditar.
Sds
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