Controle de custo e estoque em empresa com atividade concomi

Boa noite colegas,

A empresa onde trabalho esta alterando sua atividade principal de Industria de Pré-moldados para Construção Civil.
Essa alteração esta sendo elaborada nesse mês 01/2016, mais ainda temos contratos antigos de clientes onde deve emitir notas de venda mercantil ate 06/2016.
A questão é que vou trabalhar com duas situações na contabilidade e no custo, a primeira é que devo ter estoque e creditar os impostos para a indústria - Produto Acabado - Venda Mercantil, a outra situação é que devo ter um estoque e não creditar os impostos para a Construção Civil - Material aplicado em Obras - Remessa de mercadoria 5949 que vai sair com o preço do custo da remessa.
A pergunta é , alguém já fez a contabilização dessa situação? Posso ter 2 estoques do mesmo produto para destinos diferentes, como fica o custo quando tenho que ratear os custos fixos como energia, agua , luz ?
Como vou fazer o rateio do custo em uma peça de produção que devera baixar o produto com credito e sem credito no kardex.

Por favor, se alguém já trabalhou com essa situação, por favor me ajude.

Fico grata.

Att,