Emissão de Nota Fiscal - Entidade sem fins lucrativos

Bom DIa,

Preciso de uma orientação, - sobre a seguinte situação; Uma Associação criou a Central Eletrônica e Informação, a central tem como finalidade a busca de serviços de qualquer especialidade dos cartórios, para fazer uma busca o cliente deve pagar o valor de 6,40 por consulta. A caixa econômica nos procurou e disse que tem interesse em fazer as busca, porem precisa de uma nota fiscal, para reter os impostos. Por exemplo: se o valor de consulta utilizado for Mil reais, iriamos receber um valor menor pois os impostos estariam retidos. qual é o procedimento para essa associação fazer a prestação de conta.