bom dia Luiz,
Acredito que cada um costuma usar seu proprio criterio, mas uma coisa que deve ser observada é o prazo que vc tem que guardar esses docs. vc ou a empresa da qual vc faz a contabilidade.
Aqui usamos o seguinte sistema:
do DP separamos por pastas (suspensas) folha e pagamento, grf, gps, rescisões, recibo de ferias, cada qual em uma pasta.
Notas fiscais de saida qdo soltas, mandamos encadernar na ordem numerica, em livros tbem em sequencia numerica,inclusive com as canceladas( que tem que estar com todas as vias)
Os documentos contabilizados (notas de entrada, boletos, duplicatas, docs bancarios, arquivamos em ordem de data mes a mes e guardamos em arquivo morto, depois da entrega da declaração de imposto de renda, devolvemos aos nossos clientes o ano encerrado.
qdo a conservação dos docs veja:
http://www.portaldecontabilidade.com.br/tematicas/guardadocumentos.htm