Bom Dia Priscila
Referente a Depreciação, é tranquilo o método que você ira utilizar para Lucro Real, Presumido e Simples ......... é o mesmo.
No caso Priscila , no sistema que eu uso fica desta maneira :
Descrição do Veiculo = Veiculo Volkswagen modelo Gol
Data Entrada 01/01/2015 Inicio de Depreciação 01/01/2016
Numero Nota Fiscal = 01 Serie 01
Numero da Ficha = 10
Conta Cont. 1.02.03.01.0001 Veiculo
Depreciação (Ativo) 1.02.03.02.0001 Depreciação Acumulada de Veiculo
Depreciação (Despesa) 4.01.01.02.0013 Despesas com Depreciação
Tipo de Depreciação Normal 20%
Meses de vida Útil 60 meses
Valor do Bem 35.000
Resíduo Inicial 15.000 => este valor residual refere ao exercício de 2015 que não teve depreciação, ao informar este valor Residual o sistema já identifica que este valor será subtraído do valor do bem e dando a sequencia da depreciação em 2016.
Verifique se no seu sistema, se tem está aba Resíduo Inicial, se tiver faça o calculo da depreciação do período que não teve a informação e coloque no resíduo inicial, assim o seu sistema dará continuidade correta na depreciação deste ano ou do período que precisa.
Abraços.
Há lembrei este é o sistema que eu uso http://www.netspeed.com.br/sistema-contabil