repasse de dinheiro

Tenho um cliente que trabalha como agente de financiamento pra veículos....

De vez em quando recebe o dinheiro de quem vendeu o veiculo em sua conta (pois o vendedor não tem conta bancária) e repassa para o vendendor.
Ele recebe a comissão do banco.
A minha grande duvida como contabilizar esse repasse e estar documentado pra não ser autuado pela fiscalização

Na verdade ele não poderia fazer isso.
O correto é documentar tudo, de forma que a receita não entenda essa movimentação como omissão de receita.
Quanto a venda em sí, o lojista na conta da empresa receberá um montante maior do que tem direito, sendo parte de receita de intermediação e a diferença pertencente ao cliente. A intermediação é receita e a outra parte vai no passivo como valores a serem repassados a terceiros. Procure orientar seu cliente a não fazer isso e se isso é praxe, avise-o que alegislação não permite tal procedimento, embora em alguns casos até aceite.