oi, bem-vindo ao fórum! sugiro reportar-se ao setor de fiscalização da prefeitura afim de saber qual o procedimento a ser adotado p/ o cancelamento da nota fiscal duplicada e como solicitar, se for o caso, a restituição ou compensação de possível iss recolhido em duplicidade; o mesmo se dará c/ os recolhimentos dobrados de impostos federais (neste caso deve-se utilizar o aplicativo per/dcomp que encontra-se do site da receita federal); após o ok desses órgãos, então se poderá fazer as correções contábeis necessárias (estornos, compensações, etc.).
boa noite e ótima semana!