Boa tarde.
permuta é considerada operação de compra e venda, para fins tributário, então deve ser emitida a NF normalmente
No caso da permuta, a mercadoria recebida em troca deve ser contabilizada como receita de vendas e, a partir disso, aplica-se o tratamento tributário regular. A receita irá compor a apuração de tributos calculados sobre o faturamento, como o PIS e a Cofins, e também a apuração de tributos pagos sobre o lucro, como o Imposto de Renda. Segundo Oliveira, orientação nesse sentido já foi dada em resposta a consulta à Receita Federal.
Fonte: Sinescontábil/MG