Messias,
a questão de confiança realmente é uma grande preocupação no mundo web e não pode ser desprezada.
No meu caso, por ser profissional da área de informática, estou encarando sistemas atualmente por um enfoque de uso em qualquer plataforma. Com o surgimento da internet, a primeira visão que se tem é de ter acesso a sites e sistemas globalmente. Para a coisa não ficar acessivel a qualquer pessoa, se criam as intranets restringindo o acesso apenas a quem tem um usuário e senha.
Infelizmente a maioria dos desenvolvedores não se preocupa com a codificação apenas deixando o sistema funcional. Era assim que se fazia sistemas quando não havia exposição das redes das empresas ao mundo.
Se o código for bem escrito e a implementação dos sistemas de segurança forem feitos por profissionais especialistas no assunto, a intranet não terá problemas de confiabilidade.
Mas existe um putro aspecto que deve ser analisado: nem todo sistema web precisa ser disponibilizado para uso fora da empresa, portanto temos uma situação semelhante a um sistema que roda em Windows, Linux, MAC-OS, etc, que normalmente são usados somente dentro da empresa.
A vantagem de escrever sistemas para web hoje em dia ja foi detectada por varios desenvolvedores por serem estes independentes do sistema operacional que se use na empresa. Isto possibilita a migração gradual de sistemas operacionais pagos (e caros como o Windows) para sistemas gratuitos (Linux). Isto é uma tendência. Quanto mais sistems forem independentes de plataforma, tanto mais poder de decisão sobra para o usuário. Qaulquer sistema operacional hoje tem um browser (navegador com Internet Explorer, Firefox, Chrome, Netsacpe, etc.).
A este fato, soma-se o fato de poder usar este sistema numa intranet, o que muito interessante para empresas que tem mais de um local físico onde os sistemas são necessários, gerando uma integração que de outra maneira é muito difícil (não impossível mas muito o nerosa).
Procuro difundir este conceito para num futuro próximo não ficarmos tão amarrados ao Windows como somo hoje. Empresas pequenas sofrem muito por não terem muita alternativa uma vez que o mercado não oferece soluções.